หลักฐานที่เพิ่มขึ้นบ่งชี้ว่าส่วนหนึ่งของระบบภูมิคุ้มกันของมนุษย์อาจมีต้นกำเนิดมาจากแบคทีเรีย ด้วยวิวัฒนาการที่ก่อให้เกิดเครื่องมือต่อสู้กับไวรัสจากแบคทีเรียที่ซับซ้อนมากขึ้นทั่วทั้งอาณาจักรพืชและสัตว์ เครื่องมือแก้ไขยีนที่นำแบคทีเรียในระบบอื่นที่คลุมเครือมาใช้ในการต่อสู้กับไวรัส จุดประกายความสนใจทางวิทยาศาสตร์เกี่ยวกับบทบาทของโปรตีน
เอนไซม์ในการตอบสนองภูมิคุ้มกันต่อต้านฟาจ บทบาทสำคัญในการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันแล้ว ยูบิควิตินในมนุษย์ยังสามารถทำหน้าที่เป็นตัวทำเครื่องหมายสำหรับขยะในเซลล์ โดยสั่งให้โปรตีนส่วนเกินหรือโปรตีนเก่าถูกย่อยสลายและถูกทำลาย เมื่อระบบนั้นทำงานผิดพลาดเนื่องจากการกลายพันธุ์ในเครื่องจักร โปรตีนสามารถก่อตัวขึ้นและโรคต่างๆ เช่น พาร์กินสัน อาจเกิดขึ้นได้